畜禽養殖業規模化、集約化的發展造成大量糞便的堆積，這不僅影響周邊居民的日常生活，而且造成嚴重的環境污染問題，使用好氧堆肥技術處理糞便是個很好的解決途徑。畜禽糞便本身是優質有機肥的原料，其中含有大量的纖維，為微生物的生存提供足夠的養料，而且具有改良土壤結構的作用，但糞污生產有機肥必須進行好氧發酵，這樣能去除畜禽糞便的臭味，使其不穩定的有機肥原料逐漸降解為真正的有機肥。

有機肥廠常用的翻堆設備主要包括槽式翻堆機和條垛式翻堆機，簡單地說也就是前者需要砌發酵槽，后者無需砌槽。前者常用的翻堆機按原理包括粑齒式翻堆機、鏈板式翻堆機和雙螺旋式翻堆機等等；后者主要包括履帶式翻堆和輪式翻堆機。

對應著上述兩類翻堆機，目前使用較為廣泛的有機肥堆肥工藝分為兩種，一是槽式翻堆機堆肥工藝；二是條垛式發酵工藝。

槽式翻堆工藝原理為：先將畜禽糞便預處理，將墊料如鋸末、稻殼、菌種與其充分混合，然后在發酵槽中通過槽式翻堆機來回翻堆攪拌，使其中的水分得以蒸發，一般情況下堆肥20d就能完全腐熟。

豬糞堆包發酵工藝：將豬舍豬糞進行固液分離后，糞渣、干清糞及菌種進行混合，一般固液分離機分離后的糞渣含水量在50%到60%，然后將混合物料用裝載機堆放成條垛狀，翻堆時用履帶式翻堆機騎跨在料垛上進行翻堆。

槽式翻堆機堆肥的優勢在于，在工作運行時翻拋動力比較足，翻堆更加徹底，避免由于翻堆不及時造成的厭氧發酵，同時在發酵車間具有極好的升溫保溫功能，缺點是投資成本高，額外增加了土建成本。

條垛式發酵優勢在于投資小，運營成本低，堆肥的質量較高，主要用于中小型的商品有機肥的生產和養豬場的糞便無害化的處理。但是缺點是占用空間大，人工成本高。